Berdasarkan Peraturan Gubernur Nomor 33 Tahun 2017 Tentang Uraian Tugas Jabatan Pimpinan Tinggi Pratama, Administrator dan Pengawas Di Lingkungan Dinas Komunikasi dan Informatika Provinsi Maluku, unit kerja pada Dinas Komunikasi dan Informatika Provinsi Maluku terdiri dari :

1. Sekretariat ;
2. Bidang Layanan Komunikasi dan Informatika ;
3. Bidang Aplikasi Informatika;
4. Bidang Pengelolaan Informasi dan Komunikasi Publik ;
5. Bidang Keamanan Informasi dan Persandian.

Adapun Susunan Organisasi Dinas Komunikasi dan Informatika Provinsi Maluku terdiri dari :
a. Kepala Dinas
b. Sekretariat terdiri dari :
1) Sub Bagian Kepegawaian dan Umum;
2) Sub Bagian Perencanaan, Evaluasi dan Pelaporan; dan
3) Sub Bagian Keuangan dan Aset.
c. Bidang Pengelolaan Informasi dan Komunikasi Publik terdiri dari :
1) Seksi Pengelolaan Komunikasi Publik, Informasi Publik dan Statistik; dan
2) Seksi Kemitraan Informasi dan Komunikasi Publik.
d. Bidang Aplikasi Informatika terdiri dari :
1) Seksi Infrastruktur dan Teknologi E-Government; dan
2) Seksi Pengembangan Aplikasi dan Tata Kelola E-Government.
e. BidangLayanan Komunikasi dan Informatika terdiri dari :
1) Seksi Pengelolaan Sumberdaya dan Layanan Publik; dan
2) Seksi Media Publik dan Layanan Sistem Komunikasi dan Informasi.
f. Bidang Keamanan Informasi dan Persandian terdiri dari :
1) Seksi Keamanan Informasi; dan
2) Seksi Tata Kelola Persandian.